En quoi consiste la méthode scientifique ? C'est un ensemble de principes qui, d'après les philosophes des sciences, gouvernent les sciences. Citons quelques uns de ces principes. La science part des faits, choisit pour en rendre compte la théorie la plus simple possible. De préférence, cette théorie doit être quantitative, et doit être objective, c'est-à-dire ne pas faire intervenir l'expérimentateur ou l'observateur.

Dans l'étude du paranormal, tous les chercheurs n'ont pas aspiré à être "scientifiques". Ainsi, par exemple, certains spirites se sont plus préoccupés des informations sur l'au-delà fournies par les médiums, que de la façon dont ces informations étaient obtenues. Cependant, en majorité, les chercheurs ont attaché de l'importance à ce qui pouvait rendre leurs travaux plus "scientifiques". Dans l'étude des médiums, ils ont multiplié les précautions contre la fraude, ils ont fait appel à des témoins neutres, ou même sceptiques. Ils ont utilisé des appareils de plus en plus sophistiqués. Àinsi, en 1931, le français Eugène Osty, pour étudier le médium Rudi Schneider, dans l'obscurité, utilisait un appareil photographique à ultraviolet, déclenché par une cellule photoélectrique à infra-rouge.

Citons d'autres exemples. Dans les études statistiques du paranormal, l'américain Troland, dès 1916, employait un appareillage entièrement mécanique. Après que Rhine ait été critiqué pour avoir mal utilisé les statistiques, ce sont les statisticiens professionnels eux-mêmes qui, en 1937, ont défendu la validité de l'analyse statistique effectuée par Rhine. Ces méthodes statistiques ont fait leurs preuves en biologie et en psychologie.

Cependant, bien que les parapsychologues fassent appel à la méthode scientifique, leurs conclusions sont rejetées. De plus, leurs plus farouches critiques sont ceux-là mêmes qui donnent le plus de valeur à cette méthode scientifique. Comment expliquer ce paradoxe ?

Avant tout, il serait faux de croire qu'il existe une méthode scientifique unique et indiscutable. Un consensus n'existe, parmi les philosophes des sciences, sur pratiquement aucun concept ni aucun principe de la philosophie des sciences. Les définitions les plus diverses de notions fondamentales telles que le fait, l'objectivité, la science, ont été critiquées. De plus, certains , tout en reconnaissant l'existence d'une méthode scientifique, nient sa primauté, voire sa valeur, parmi les sources de connaissance. Pour d'autres, tel Paul Feyerabend, c'est l'existence même d'une méthode scientifique qui est mise en doute.

La plupart des chercheurs qui mettent en doute l'existence même d'une méthode scientifique, voient en elle une idéologie chargée de faire croire aux scientifiques qu'ils font bien la science telle qu'elle devrait se faire. Mais la science telle quelle se fait, quant à elle, a peu de rapport avec cette idéologie. Parmi ces chercheurs, certains, comme Thomas Kuhn, pensent que la rationalité de la science est à chercher, non dans une "méthode", mais dans les rapports sociaux entre les scientifiques.